МОНИИАГ является центром лечения гинекологических заболеваний. Здесь ведут пациентов с бесплодием, проводят вспомогательные репродуктивные технологии, принимают роды и наблюдают женщин в послеродовом периоде. В клинике есть несколько отделений.
Поликлиническое. В НИИ акушерства и гинекологии ведется амбулаторный прием пациентов. Проводится консультация женщин в случае возникновения проблем в период беременности. Ведется диспансерное наблюдение. Осуществляется ведение беременных с экстрагенитальной патологией.
Гинекологическое. В МОНИИАГ проводится лечение женщин с заболеваниями органов репродуктивной системы в условиях стационара. Выполняются хирургические операции. Здесь есть эндоскопическое оборудование. Используются высокотехнологичные методы лечения гинекологических заболеваний. Проводится удаление миомы матки, опухоли, спайки, очаги эндометриоза. Проводятся реконструктивные операции.
Отделение гинекологической эндокринологии. Институт акушерства и гинекологии специализируется на лечении эндокринной патологии, влияющей на репродуктивную функцию женщины. Здесь лечатся пациентки с нарушением работы яичников, щитовидной железы, гипоталамо-гипофизарной системы, надпочечников.
Отделение репродуктологии. Здесь лечат бесплодие – как женское, так и мужское. Проводятся программы экстракорпорального оплодотворения. Используются донорские биологические материалы. Практикуются программы с суррогатным материнством. Ведется работа по вопросам гемоконтактных инфекций.
Отделение эндоскопической хирургии. С восьмидесятых годов прошлого века в МОНИИАГ начали использоваться лапароскопические и эндоскопические операции. Ежегодно здесь их проводится 1700-1800, из них половина повышенной сложности. Эндоскопические вмешательства применяются с целью лечения женского бесплодия, для удаления миомы матки, лечения недержания мочи. Используются робот-ассоциированные операции.
В МОНИИАГ есть и другие отделения: акушерское физиологическое и обсервационное, неонатологии, реанимационное, ультразвуковой диагностики. Оборудована клиническая, молекулярно-генетическая лаборатория.